จากคำบอกเล่าสืบต่อกันมา สรุปได้ความเดิมทีเดียวเป็นวัดเก่าร้าง มีเจดีย์เก่า ๆ อยู่ก่อนแล้ว และตามตำนานบอกว่าเดิมชื่อพระธาตุจอคีรี ในสมัยอาณาจักรพะเยา มีนามเดิมว่าเมืองภูกามยาว มีพ่อเมืองปกครองในฐานะกษัตริย์ ในครั้งนั้น พ่อเมืองของภูกามยาวพระองค์หนึ่ง ทรงพระนามว่า พญาคำแดง (พระราชโอรสของพญางำเมือง) ซึ่งมีพระราชโอรส (บางตำนานกล่าวว่าเป็นพระอนุชา) ทรงพระนามว่เจ้าหลวงคำลือต่อมาได้ขึ้นครองราชต่อพระราชบิดามีพระราชอิสริยายศเป็นพญาคำลือ คราวหนึ่งเจ้าหลวงคำลือ ได้ทรงขอพระอนุญาตพระบิดา เพื่อพาอำมาตย์เสด็จประพาสป่าเป็นเวลานาน 9 วัน

วันหนึ่ง ขณะที่เจ้าหลวงคำลือทรงม้า อยู่บนเขาแห่งหนึ่ง พระองค์ทอดพระเนตรเห็นกวางงามตัวหนึ่งสีนำตาลปนแดง ยามแสงสุริยาต้องกับเส้นขนทำให้ดูคล้ายดั่งทอง (เรียกกวางชนิดนี้ว่าฟานฅำหรือกวางฅำ) พระองค์จึงรับสั่งให้พวกเสนาอำมาตย์ที่เป็นพรานไพรทั้งหลายพยายามคล้องบ่วงเชือกจับกวางนั้นมาให้ได้แต่พวกพรานทั้งหลายก็จับไม่ได้แม้แต่คนเดียวแถมมิหนำซ้ำ กวางยังไล่ขวิดนายพรานหลายคนลอยขึ้นบนอากาศทำให้พระองค์แปลกใจมาก เพระพรานไพรต่างเข็ดขยาดไม่กล้าเข้าไปคล้องบ่วงเชือกกวางอีก และพระองค์แม้จะชำนาญในการคล้องเชือกเอาสัตว์นานาชนิดได้อย่างแม่นยำ แต่คราวนี้กลับผิดพลาดไปหมด ทว่ากวางนั้นไม่กล้าขวิดพระองค์ เอาแต่วิ่งหนีอย่างเดียว พระองค์ทรงวิ่งไล่ตามกวางนั้นไปเป็นระทางไกลแสนไกล จากเมืองภูกามยาวมาถึงเขาลูกหนึ่ง (ซึ่งใกล้อยู่กับเวียงลอ และทางพะเยาเรียกเมืองที่ตั้งของดอยลูกนี้ว่าเวียงปากบ่องส่วนทางเชียงรายเรียกว่าเวียงปากน้ำ “จากตำนานที่พญางำเมืองมอบเมืองปากน้ำให้กับพญามังราย”) จนกวางนั้นหายลับไปกับตา ในที่สุดพระองค์ก็ทอดพระเนตรเห็นผู้หญิงคนหนึ่งรูปโฉมชวนพิศวงยิ่งนัก มีดวงตาประดุจตากวาง ทำให้พระองค์พลั้งวาจาออกไปว่าพระองค์มีบุญมากที่ได้พบนางเทพธิดาเจ้าป่าอย่างนี้ นางจึงเอ่ยปากถามว่าพระองค์เป็นใครมาจากไหน เมื่อพระองค์ทรงเล่าเรื่องให้ฟังนางได้ทราบตลอด นางจึงบอกแก่พระองค์ว่านางมิได้เป็นเทพธิดา และไม่ทราบมาจากไหนเช่นกัน ทราบแต่เพียงว่ามีฤๅษีตนหนึ่งได้เก็บมาเลี้ยงไว้เท่านั้น พระองค์ขอติดตามนางเข้าไปหาฤๅษี แต่นางบอกว่าพระฤๅษีอยู่ในถ้ำไกลมากซึ่งอยู่ในทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ พระองค์ทรงทราบดีว่าเหตุการณ์ทำนองเดียวกันปรากฏต่อพระบิดา คือพญาคำแดงมาครั้งหนึ่งแล้ว ซึ่งคราวนั้นพญาคำแดงได้ติดตามนางเข้าไปถึงที่อยู่ของพระฤๅษี คือถ้ำแห่งหนึ่งปัจจุบันเรียกว่า "ถ้ำผาไฟ" ในอำเภองาว จังหวัดลำปาง แต่ครั้งนี้เหตุการณ์เกิดขึ้นกับเจ้าหลวงคำลือเอง พระองค์จึงถามนางต่อว่ามีประสงค์ใดถึงมาที่แห่งนี้ หรือพระฤๅษีมีธุระอันใดใช้ให้มา นางตอบว่าพระฤๅษีให้มาแสวงหาที่ปลอดสัตว์ (บริเวณที่สัตว์จะปลอดภัย) เพื่อปลดปล่อยสัตว์ที่มนุษย์ถูกรังแกหรือหมายจะเอาชีวิตของเขาทั้งหลาย เพราะพุทธองค์สัมมาสัมพุทธเจ้าเคยเสด็จมาโปรดสัตว์ในบริเวณนี้ครั้งหนึ่งในสมัยพุทธกาล และตรัสกับพระอานนท์และพระสารีบุตรว่าในอนาคตการณ์ บริเวณแห่งนี้จักเป็นสถานที่คงไว้ซึ่งพระศาสนา บริเวณที่นางปรารภถึงคือบริเวณดอยคีรี ในอำเภอป่าแดด ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ห่างจากเมืองภูกามยาวไป 40 กว่ากิโลเมตร และหลังจากนั้นนางได้กราบทูลลาเจ้าหลวงคำลือและเดินจากได้ประมาณ 7 ก้าว จึงกลายเป็นกวางทองวิ่งหายไปในป่า

เมื่อเจ้าหลวงคำลือเสด็จกลับได้เล่าเรื่องทั้งหมดให้กับพระบิดาฟัง และทรงปรึกษากันว่าจะกระทำประการใด พอดีขณะนั้นพระมหาอุอะเส่ง (พระสงฆ์จากพม่า) เดินทางจากเมืองม่าน (พม่า) เข้ามาในเมืองภูกามยาว ได้ถวายคำแนะนำแล้วอาสาจะไปเอาพระเกศาธาตุของพระพุทธเจ้าซึ่งมีคนนำมาจากลังกาทวีปมาไว้ที่เมืองม่าน (พม่า) โดยให้สร้างพระเจดีย์ พญาคำแดงและเจ้าหลวงคำลือได้ทรงสละพระราชทรัพย์ให้พระบัวจี๋นพร้อมด้วยเสนาอำมาตย์มาตั้งวัด แล้วก่อเจดีย์ข้างในเพื่อบรรจุพระเกศาธาตุไว้ โดยก่อนที่จะสร้างพระเจดีย์ครอบไว้พญาฅำแดงและเจ้าหลวงฅำลือให้ช่างผู้มีฝีมือ (ตระกูลช่างพะเยา) ทำช่อฅำ 7 ช่อ ช่อเงิน 7 ช่อ ช่อแก้ว 7 ช่อ ล้มอบรอบพระอบที่ใช้บรรจุพระเกศาธาตุที่ทำด้วยพระอุบ (พระอบ) แก้ว แล้วครอบด้วยพระอุบฅำและพระอุบเงิน อีกชั้น พระอุบทั้งสามล้วนประดับด้วยอัญมณีมีค่าอย่างสวยงาม ก่อนอธิฐานจิตรให้พระอุบที่บรรจุพระเกศาธาตุจมหายไปในพื้นดิน ต่อมามีผู้คนเลื่อมใสอพยพมาตั้งถิ่นฐานตามเชิงเขามากพอสมควรและเรียกพระองค์ธาตุว่าพระธาตุจอมคีรี วัดพระธาตุจอมคีรีจะตั้งอยู่นานเท่าไรไม่ปรากฏ แต่กรมศิลปกรและกรมพระพุทธศาสนาสันนิษฐานว่าน่าจะมีอายุประมาณ ๗๐๐ กว่าปี เพราะตรงกับเหตุการณ์ที่พญาฅำแดงปกครองเมืองภูกามยาวนครในยุคสมัยนั้นพอดี ซึ่งมีคนไปพบพระเจดีย์ และสังเกตได้ว่าเป็นวัดร้าง เมื่อปี พ.ศ. 2489 และในปีถัดมา พระครูบาเจ้าศิริปัญญา เจ้าคณะตำบลป่าแดด ในสมัยนั้น ได้ก่อพระเจดีย์ใหม่เข้าทับตรงเจดีย์เก่าอีกครั้ง โดยตั้งชื่อว่าพระธาตุจอมคีรี และเรียกสืบกันมาตราบถึงบัดนี้